Ingresa al menú Reportes > Cuentas por cobrar y en la lista de la cartera pendiente o vencida da clic en el nombre del cliente, Esto te mostrará su estado de cuenta.

Da clic en Registrar Pagos e ingresa la información del pago recibido según corresponda.

Adicionalmente, podrás ingresar notas y activar el envío de notificación de pago a tu cliente.

Si deseas registrar retenciones electrónicas o notas de crédito revisa esta guía de como descargar tus comprobantes recibidos Aquí.